文物保护碑
北京通州南大街历史片区位于通州老城运河西岸，是元代通州古城中轴线的南段，也是目前通州保留的历史城区在该片区向北可以遥望“一支塔影识通州”的燃灯塔 ，片区东侧为大运河。作为大运河北端漕运枢纽、京城物资转运中心、世界遗产大运河沿运聚落北部地区典型的城市代表，元代以来，通州作为京杭大运河漕运的终点和北京城粮食的中转枢纽与仓储保存之地，通州老城与北京城、大运河共生共兴。
通州清真寺北门
通州是京杭大运河的北起点，历来一直是京东交通要道，是漕运、仓储重地，水陆进京必经之地，也是进入京城前的最后一块繁华地区。1292年（元至元二十九年），郭守敬主持开凿的通惠河由大都积水潭直达通州潞河，通州由此成为重要的漕运枢纽，随着运河漕运的繁荣，吸引了大量回族定居。他们大多居住在通州老城东南的南大街两侧，逐渐形成了“十八个半截胡同”及对应的回族寺坊社区。通州清真寺（今通州区清真寺胡同1号）伴随回坊的兴起而诞生，据记载通州清真寺建于元延祐年间（1314—1320年），初名朝真寺。1516年（明正德十一年）修缮，1593年（万历二十一年）再扩建并更名为清真寺。安景祥主笔，通州伊斯兰教协会编印的《通州清真寺志》，主要介绍了通州清真寺的历史、建制、管理制度等内容。
整座清真寺坐西朝东，在东、南、北三面开有门，分为三路。东门有一座影壁，青砖白墙绿琉璃顶，其后是邦克楼和礼拜殿，两侧还设有夹墙门。邦克楼歇山重檐，调大脊，脊中间高耸宝瓶，均为绿琉璃吻兽，上层四周带廓，正面悬挂“朝真寺”三个大字竖匾，因明朝时重修清真寺时，定名为朝真寺。
从现存老照片发现邦克楼门额上悬木匾一，横刻楷书“大哉乾元”四大字。今“大哉乾元”匾悬挂于邦克楼门内。
图片来自网络
邦克楼门内还悬“万寿无疆”大木匾，传为清代皇帝曾微服出访路过此地。
邦克楼全景
北门是一座牌楼，雕梁画栋，上书“礼拜寺”。
主礼拜殿在北院，坐西朝东，大门三间，青砖绿瓦，红门红窗红柱子。南路以伙房、水房和办公区为主。
礼拜殿，勾连搭四卷顶棚，第一卷、第二卷面阔三间，第三卷亦是三间，南北各设横向抱厦三间，与第三卷勾连搭；第四卷五间，形制更为复杂。殿内数十根金柱朱漆，皆围捏铁线缠枝牡丹，绚丽夺目，为独具特色。
礼拜殿外檐下正中悬挂有黑底金字阿文匾额，两把悬挂达天俊路和正心诚意两块汉文匾额。礼拜殿内悬挂多方阿文匾额，蓝地金字，端庄素雅，礼拜殿周围房屋也悬挂着不少匾额，这些匾额都是这几年重新恢复的。
2006年北京市人民政府拨款对该寺进行全面修缮，现为通州区第一批通州区重点文物保护单位、北京市第五批北京市重点文物保护单位。
通州清真寺是大运河北端回族生活的重要见证，这些具有文化价值的匾额是大运河文化的重要载体。
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