G99次列车，采用复兴号CR400BF-A型动车组运行，俗称“金凤凰”列车，这是上海开往香港地区唯一一趟高铁列车，全程运行7小时47分。
这趟列车中间主要停靠杭州东，南昌西，深圳北等站，所以如果终点站不是香港西九龙站，那么就不需要相关的手续了（除了车票以外）。
G99次列车下午14点09分上海虹桥站发车，下一站停靠杭州东站，这个区间需要运行159公里，也可以说是上海到杭州最快的高铁了。
14点58分到达杭州东站，停车3分，继续开往南昌西站方向，这个区间停靠金华站（6站台15线）和上饶站（7站台26线）。
17点33分列车到达南昌西站，停车19分，列车在这里需要调头换向运行，开往赣州西站方向，车次还是G99次。
晚上19点29分，列车到达赣州西站（站台规模4站台8线，为京港高铁和厦渝高铁交汇枢纽站），停车3分，从南昌到赣州这个区间运行了414公里。
从赣州出发后，运行400公里后到达广东境内，停靠惠州北站（7站台16线），停车2分后，下一站停靠光明城站（位于深州市光明区）。
21点15分光明城站发车后，下一站停靠深圳北站，停车6分后，将运行39公里后，于晚上21点56分到达终点站香港西九龙站。
G99次列车在终点站稍作停留整备后，将始发开往广州南站，开行G6504次列车，这个区间运行141公里，中间停靠福田和深圳。
所以内地始发的高铁列车晚上一般都是回广州，不会在香港停留过夜。这趟G6504次列车休息一晚上后，第二天上午10点16分再次始发G6503次列车一站直达香港西九龙站。到达后稍作停留就始发G100次列车开往上海虹桥。